Jemima Wilkinson wurde als das achte von zwölf Kindern des Ehepaares Jeremiah (1707-1777) und Elizabeth Amey Wilkinson (geb. Whipple) nahe Martin’s Wade am 29. November 1752 im Township Cumberland, Rhode Island, geboren. Ihre Eltern waren Quäker, und alle Kinder waren mit der Geburt ebenfalls Quäker und wurden als „birthright Quaker“ bezeichnet. Unter ihren Vorfahren befand sich Lawrence Wilkinson, der Kolonisator von Rhode Island. Stephen Hopkins (1707-1785), der Unterzeichner der Declaration of Independence und Gouverneur von Rhode Island, war ihr Cousin.
Zunächst verbrachte Jemima Wilkinson in ihrer Jugend viel Zeit mit dem Lesen von Romanen und Gedichten. Auch liebte sie es, an gesellschaftlichen Veranstaltungen der Nachbarschaft teilzunehmen. Ein einschneidendes, tragisches Erlebnis war der frühe Tod ihrer Mutter um 1764. Sie fand Trost in pietistischen Schriften, den Werken der frühen Quäker und den Biographien religiöser Frauen. Da sie mit einem außergewöhnlichen Gedächtnis begabt war, lernte sie ganze Kapitel der King-James-Bibel auswendig. Weniger angetan war sie von den Quäkerversammlungen ihrer Gemeinde, die nicht das Geringste an Lebendigkeit ausstrahlten, sondern im Dogmatismus, in Äußerlichkeiten und im Quietismus erstarrt waren. In einer vergleichbaren Verfassung befanden sich die Führer der Anglikaner und Kongregationalisten, die mehr an Vernunft und Intellekt als an Emotion appellierten und die Bedürfnisse der Gläubigen nicht mehr trafen. Es war nur eine Frage der Zeit für eine kräftige Gegenbewegung, die schließlich auch alle der genannten Gemeinschaften ergriff. Wilkinson wurde eine begeisterte Hörerin des anglikanischen Reformpredigers George Whitefield (1714-1770). Sie trat der Bewegung „New Lights“ bei, einer der vielen Splittergruppierungen, die im Zuge des „Great Awakening“ auch in Cumberland spontan entstanden waren und ebenso schnell wieder verschwinden sollten. Von den Quäkern wurde sie im August 1776 wegen des Besuches von Andachten der „New Lights“-Gemeinde ausgeschlossen, was sie sehr betrübte.